กองทุนหลักประกันสุขภาพในระดับท้องถิ่นหรือพื้นที่นับเป็นนวัตกรรมทางสังคมที่สำคัญในระบบสุขภาพของประเทศไทย มุ่งเน้นการส่งเสริมการมีส่วนร่วมดูแลสุขภาพ
ของประชาชนจากหลายภาคส่วนในสังคม โดยมีองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นเป็นกลไกสำคัญในการประสานหน่วยงาน องค์กร และภาคีเครือข่ายในพื้นที่เข้ามาร่วมค้นหาปัญหาและความต้องการของประชาชน ร่วมวางแผน และส่งเสริมให้เกิดการร่วมดำเนินกิจกรรมด้านสุขภาพ สามารถติดตามประเมินผลการดำเนินงานให้เกิดขึ้นอย่างเป็นรูปธรรมกับประชาชน
กองทุนหลักประกันสุขภาพในระดับท้องถิ่นหรือพื้นที่ นอกจากมีเจตนารมณ์ในการสร้างการมีส่วนร่วมขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นให้เข้ามามีบทบาทในการดูแลสุขภาพของประชาชนในพื้นที่แล้ว ยังสนับสนุนให้ประชาชนได้แสดงบทบาทในการพึ่งตนเองด้านสุขภาพ และส่งเสริมให้บุคลากรด้านสาธารณสุขในพื้นที่ได้แสดงต่อการปรับเปลี่ยนพฤติกรรมสขภาพของประชาชน สามารถดูแลสุขภาพได้ด้วยตนเอง และการสร้างกลไกในสังคม ที่จะต้องเข้ามาร่วมแก้ปัญหาต่าง ๆที่มีผลต่อสุขภาพให้ลุล่วง
สำหรับองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ในบทบัญญัติของพระราชบัญญัติหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2545 มาตรา 13(3) มาตรา 18 (4) (8) (9) และมาตรา 47 ได้กำหนดให้คณะกรรมการหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ สนับสนุน ประสาน และกำหนดหลักเกณฑ์ เพืื่อให้องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นเป็นผู้ดำเนินงานและบริหารจัดการระบบหลักประกันสุขภาพในระดับท้องถิ่นหรือพื้นทีได้ตามความพร้อม ความเหมาะสม และความต้องการ เพื่่อสร้างหลักประกันสุขภาพแห่งชาติให้แก่บุคคลในพื้นที่ โดยให้ได้รับค่าใช้จ่ายจากกองทุนรวมถึงสนับสนุนและกำหนดหลักเกณฑ์ให้องค์กรชุมชน องค์กรเอกชน และภาคเอกชน ที่ไม่มีวัตถุประสงค์เพื่อแสวงหากำไรดำเนินงาน และบริหารจัดการเงินทุนในระดับท้องถิ่นหรือพื้นที่ได้ตามความพร้อม ความเหมาะสม และความต้องการ โดยส่งเสริมกระบวนการมีส่วนร่วมเพื่่อสร้างหลักประกันสุขภาพแห่งชาติให้แก่บุคคลในพื้นที่
การดำเนินงานกองทุนหลักประกันสุขภาพในระดับท้องถิ่นหรือพื้นที่เริ่มดำเนินการนับตั้งแต่ ได้มีประกาศคณะกรรมการบริหารกองทุนหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ เรื่่องการกำหนดหลักเกณฑ์เพื่่อสนับสนุนให้องค์การบริหารส่วนตำบลหรือเทศบาลดำเนินงานและบริหารจัดการระบบหลักประกันสุขภาพในระดับท้องถิ่นหรือพื้นที่เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน 2549 ซึ่งในปีแรกมีองค์การบริหารส่วนตำบลและเทศบาลนำร่องจัดตั้งกองทุนรวม 888 แห่ง
เมื่่อวันที่ 19 มีนาคม 2550 ณ กรมส่งเสริมการปกครองส่วนท้องถิ่นได้จัดให้มีพิธีลงนามบันทึกความร่วมมือเพื่่อสนับสนุนการดำเนินงานขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นในเรื่่องการบริหารจัดการระบบหลักประกันสุขภาพและสวัสดิการชุมชนในระดับท้องถิ่นหรือพื้นที่ ระหว่าง สำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ กระทรวงสาธารณสุขกระทรวงพัฒนสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ กระทรวงมหาดไทย สมาคมองค์การบริหารส่วนตำบลแห่งประเทศไทย ซึ่งทั้งเจ็ดฝ่ายจะร่วมมือกันเพื่่อสนับสนุนการดำเนินงานและบริหารจัดการระบบหลักประกันสุขภาพและสวัสดการชุมชนในระดับท้องถิ่นหรือพื้นที่ โดยเน้นเรื่่องการแพทย์ฉุกเฉิน การสร้างเสริมสุขภาพ การป้องกันโรค การฟื้นฟูสมรรถภาพที่จำเป็นต่อสุขภาพ และการดำรงชีวิต ตลอดจนส่งเสริมให้กลุ่มแม่และเด็ก กลุ่มผู้สูงอายุ ผู้ประกอบอาชีพที่มีความเสี่ยง กลุ่มคนพิการ กลุ่มผู้ด้อยโอกาส และกลุ่มผู้ป่วยโรคเรื้้อรังที่อยู่ในเขตพื้นที่ มีสวัสดิการชุมชนรองรับและสามารถเข้าถึงบริการสาธารณสุขได้อย่างทั่วถึง โดยการบริหารจัดการอย่างมีส่วนร่วมของบุคคลในพื้นที่ โดยได้กำหนดเป้าหมายการดำเนินงานร่วมกัน
